一九九一年二月二十八日，“东突”恐怖组织在新疆阿克苏地区库车县客运站录像厅制造的一起爆炸案，造成一人死亡、十三人受伤。同日，恐怖分子还在县城一个体商店安置了炸弹，爆炸未遂。
一九九二年二月五日，正当中国各族人民欢度春节时，恐怖组织在新疆首府乌鲁木齐市五十二路、三十路公共汽车上制造了两起爆炸事件，两辆公共汽车被炸毁，造成三人丧生、二十三人受伤。他们还在一影剧院和居民住宅楼中各安置了一枚定时炸弹，被发现后排除。
一九九三年六月十七日至九月五日，“东突”恐怖组织相继在新疆南部地区的商场、集贸市场、饭店、文化场所等地制造了十起爆炸案，造成二人丧生、三十六人受伤。
一九九七年二月二十五日，“东突”恐怖组织再次将恐怖活动引向新疆首府，制造了乌鲁木齐市二路、十路、四十四路公共汽车爆炸案，造成三辆公共汽车被炸毁，包括维族、回族、柯尔克孜族、汉族群众在内的九人丧生、六十八名乘客被炸得腿断肢残，严重受伤。
一九九八年二月二十二日至三月三十日，“东突”恐怖组织在喀什地区叶城县连续制造了六起系列爆炸案，致三人受伤，天然气输送管道被炸坏引起大火，直接经济损失一百多万元。
一九九八年四月七日凌晨，恐怖组织在叶城县公安局负责人住房窗台、县政协副主席和喀什地区行署副专员住宅门前等处，连续制造八起爆炸事件，炸伤八人。
一九九三年八月二十四日，两名“东突”恐怖分子将喀什地区叶城县政协常委、大清真寺主持阿不力孜大毛拉刺成重伤。
一九九六年三月二十二日，两名恐怖分子蒙面持枪闯入阿克苏地区新和县伊协副主席、清真寺副主持阿克木司地克阿吉家中，将其枪杀。
一九九六年四月二十九日凌晨，十余名全副武装的恐怖分子分别闯入库车县阿拉哈格乡库纳斯村全国政协委员、自治区人大代表卡吾力?托卡和当地的三名维吾尔族基层干部家中，采取爆炸、枪击、刀刺等手段，制造了血腥的恐怖事件。恐怖分子向卡吾力?托卡家投掷了二枚炸弹，致卡及其妻重伤；卡的弟弟阿吾力托卡被恐怖分子连刺七刀致死，其妻被刀刺后又遭枪击身亡；卡吾力?托卡的儿子艾尼瓦尔卡吾力被恐怖分子连刺九刀、头部遭枪击身亡，其妻也身中八刀、头部中两枪身亡；村干部加如甫买买提明被刺成重伤。
一九九六年五月十二日，“东突”恐怖组织策划了对全国伊斯兰教协会常委、新疆政协副主席、喀什伊协主席阿荣汗阿吉的暗杀。当日清晨，阿荣汗阿吉和其儿子在去艾提尕清真寺做礼拜的途中遭四名恐怖分子袭击，恐怖分子对阿连刺二十一刀，其儿子被刺十三刀，两人均致重伤。
一九九七年三月二十三日凌晨，以吐尔逊吐地为首的一伙恐怖分子，闯入阿克苏地区金银川垦区负责人艾买尔江家中，将艾夫妇杀害；同年七月三日凌晨，这伙恐怖分子又闯入阿瓦提县拜什力克乡一村干部吐尔地尼牙孜家中，将吐夫妇二人杀害。
一九九七年十一月六日凌晨，以买买提吐尔逊为首的恐怖组织，秉承境外“东突”组织的旨意，将全国和新疆伊协委员、阿克苏伊协主席、拜城县清真寺主持尤努斯?斯迪克大毛拉枪杀于去清真寺做礼拜的途中一九九八年一月二十七日，这伙恐怖分子又将去清真寺做礼拜的叶城县政协常委、县大清真寺主持阿不力孜阿吉枪杀。
一九九七年六月四日，四名恐怖分子闯入和田地区墨玉县恰其克乡荒地村干部买买提肉孜?买买提家，对买连捅十一刀致其死亡。
一九九九年八月二十三日，以牙生买买提为首的十余名恐怖分子闯入喀什地区泽普县波斯喀木乡派出所指导员胡达拜尔迪?托乎提家中，将胡及其儿子杀害，胡身中三十八刀，其子头部中枪。杀人后，恐怖分子又纵火，胡妻被烧成重伤。
二00一年二月三日，一伙恐怖分子闯入喀什地区疏附县法院干部买买提江?亚库甫家中，对买连捅三十八刀，将其残酷杀害。
一九九六年八月二十七日，六名恐怖分子身着迷彩服，乘车到叶城县江格勒斯乡政府，割断电话线，杀死副乡长和在此值班的一名警察；随后又闯入该乡一村，将三名治安员和一名水管员绑架到十公里外的戈壁滩上杀害。
一九九九年十月二十四日凌晨，恐怖分子携枪支、大刀、爆炸燃烧装置，袭击了泽普县赛力乡公安派出所。他们包围派出所，连续投掷燃烧瓶和爆炸装置、开枪射击。之后闯入派出所枪杀了一名联防队员和一名留置审查的犯罪嫌疑人，开枪击伤了一名警察和一名联防队员。后将派出所十间房屋、一辆吉普车和三辆摩托车烧毁。
一九九八年一月三十日至二月十八日，“东突解放组织”的成员在喀什市制造了二十三起系列投毒案，致四人中毒、一人死亡，数以千计的牲畜死亡或中毒。
一九九八年五月二十三日，在境外接受过专门训练、被派入境的“东突解放组织”成员在乌鲁木齐市华都商厦、大西门、河滩路布料批发市场、长征旅社批发市场、红山木材市场、乌鲁木齐旅社、商贸城等繁华场所投放了四十多枚化学自燃纵火装置，制造了十五起纵火案，扬言“要将乌鲁木齐变成一片火海，要造成几百万、几千万、几亿元的损失”。由于及时发现和扑灭，才未造成重大危害。
一九九九年十月十一日，三名恐怖分子在和田市棉麻公司棉花收购站棉花堆中安放三枚定时爆炸引燃装置，其中一枚爆炸引起棉垛起火，烧毁棉花约二吨。另二枚爆炸装置被及时排除。
一九九0年“伊斯兰改革者党突击队”在叶城县伯西热克乡一偏僻地建立了训练恐怖分子的基地。该基地先后办了三期训练班，共培训了六十余名恐怖分子。训练内容主要有：宗教极端主义和恐怖主义理论，爆炸、暗杀等恐怖活动的技能，体能训练等。训练班学员多数参与了一九九一年至一九九三年发生在新疆各地的爆炸、暗杀、抢劫等重大恐怖活动。
一九九八年二月，境外“东突厥斯坦伊斯兰运动”头目艾山?买合苏木派遣数十名恐怖分子入境。他们入境后，即在新疆和内地一些地方建立了十多处训练基地，培训了十五期恐怖分子，共一百五十多人。除了这种比较集中的基地外，还有大量零散的，三至五人一组的训练点。一些训练点同时也是武器、弹药和爆炸装置的制造窝点。新疆警方在打击恐怖活动过程中，查获了许多地下的恐怖训练点和武器弹药制造工场，收缴了大量的手雷、手榴弹、雷管、枪支、弹药等。
一九九九年十二月三十日，警方在泽普县波斯喀木乡查获一恐怖分子的地下制爆窝点，该窝点距地面深三米，长三米，宽二米，高一点七米，缴获电钻、电焊机等制爆工具和图纸以及已制成的手雷等。
二000年二月二十五日，警方在莎车县卡琼乡三村抓获七名恐怖分子，并在恐怖分子家中发现一地道和地下室。地道长七米，高二点五米，地道后面连结一长十二米、宽三点八米、高二米的地下室，室内有通风和上下水设施。在地道内缴获手雷三十八枚，电雷管二十二枚，爆炸装置十八个，炸药十七公斤，拉火管二十多个。 二00一年八月，警方在搜查库车县乌尊乡色根苏盖提村一恐怖分子家时，发现一处深四米的地道，里面有制造武器弹药的各种设备，缴获了爆炸装置六十一枚。
一九九0年四月五日，在“东突伊斯兰党”的组织策划下，一伙恐怖分子在新疆阿克陶县巴仁乡制造了恶性恐怖事件。他们明目张胆地鼓吹“圣战”、“消灭异教徒”，叫嚣要成立“东突厥斯坦共和国”。恐怖分子劫持十名人质要挟政府，并在交通要道炸毁二辆汽车，残杀六名武警官兵，还用冲锋枪、手枪等武器向被围困的政府人员射击，投掷炸药包、手榴弹。
一九九七年二月五日至八日，“东突伊斯兰真主党”等恐怖组织策划、制造了伊宁打砸抢骚乱事件，恐怖分子高喊“建立伊斯兰王国”等口号，袭击平民，捣毁商店，烧砸汽车，杀死七名无辜群众，使二百多人受伤，三十多辆车遭毁坏，两间民房被烧毁。其中一对青年夫妇在回家途中遭袭击，妻子被恐怖分子残忍地用刀毁容后再遭杀害，丈夫则被打成重伤；一名乡文化站的工作人员在街道上被恐怖分子用刀捅死后又被扔进火堆焚烧。